sratookit 下載後解壓 移動到專門安裝生物信息軟體的目錄下 加入環境變數 測試 下載測試文件SRR390728，預設存放在家目錄下的ncbi文件夾中 轉換sra文件的套路： -O 指定輸出路徑 --gzip 指定輸出格式為gzip壓縮格式（fastqc軟體可以直接識別gzip壓縮的文件） - ...
sratookit 下載後解壓
tar -zxvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
移動到專門安裝生物信息軟體的目錄下
mv sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64 ~/biosoft加入環境變數
echo 'PATH=$PATH:~/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc測試
prefetch -v下載測試文件SRR390728，預設存放在家目錄下的ncbi文件夾中
prefetch -c SRR390728轉換sra文件的套路：
fastq-dump --gzip --split-3 -O path -A accession-O 指定輸出路徑 --gzip 指定輸出格式為gzip壓縮格式（fastqc軟體可以直接識別gzip壓縮的文件） --split-3 如果是雙端測序數據，則輸出兩個文件，如果不是則只輸出一個文件 具體到我們下載的數據：
for i in `seq 56 62`以上命令在vim中編輯，保存為.sh文件後，通過bash運行，註意seq前的撇不是單引號 轉換fastq
do
fastq-dump --gzip --split-3 -O ./fastq/ -A SRR35899${i}.sra
done
fastq-dump *.sra轉換fasta
fastq-dump --fasta *.sra
