轉錄組入門(2)：讀文章拿到測序數據

来源:http://www.cnblogs.com/freescience/archive/2017/08/03/7277569.html
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https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=PRJNA323422 lne是perl的參數，效果是： perl接收你的鍵盤輸入（用後面的代碼）處理後，輸出一個換行，然後等待接收下一個輸入 perl -lne '$id=substr($_,0,6) ...


https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=PRJNA323422

lne是perl的參數，效果是： perl接收你的鍵盤輸入（用後面的代碼）處理後，輸出一個換行，然後等待接收下一個輸入 
perl -lne '$id=substr($_,0,6);print "axel ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/$id/$_/$_.sra"' SRR_Acc_List.txt > sra_down.sh
bash sra_down.sh
ls *.sra|while read id;do(fastq-dump --split-3 $id);done
chmod u-w *

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