功能介紹 整理生信小知識庫,一些技巧一些知識。 昨天 以下配置環境基於window操作系統,安裝python3版本為例,推薦基礎版配置。 ! METHOD 1 (基礎版) 官網下載對應電腦版本的python3:https://www.python.org/downloads/windows/ 下 ...
功能介紹 整理生信小知識庫,一些技巧一些知識。
昨天
以下配置環境基於window操作系統,安裝python3版本為例,推薦基礎版配置。
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METHOD 1 (基礎版)
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官網下載對應電腦版本的python3:https://www.python.org/downloads/windows/
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下載程式文件完成後雙擊執行,註意:勾選Add Python 3.X to PATH。然後點擊 Install Now,後續一直點擊確認即可。(如果未勾選Add Python to PATH,安裝完成後需要手動添加目錄到環境變數中,參考後續步驟3.a)
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確認完成
鍵盤win+R調出運行框,輸入cmd,回車。(或依次點擊開始-Windows 系統-命令提示符)。鍵入python後回車,出現如下提示即表示安裝完成,鍵入exit()回車可退出
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(optional)沒有勾選自動添加python3到環境變數,可手動添加
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找到python3安裝目錄,記不得當初安裝的目錄,可在C盤搜索關鍵詞python3,本次安裝的是3.8版本,選擇正確的目錄後,右鍵選擇打開文件夾位置,選擇地址欄並複製
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右鍵我的電腦打開屬性-高級系統設置-環境變數,選系統變數中Path一欄點擊編輯
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點擊新建,將第i步複製的路徑粘貼進去;再次點擊新建,粘貼路徑再手動添加\Script\,如下圖。後續一直確認即可,同樣可以用步驟三的方法確認是否成功。
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安裝模塊。打開命令提示符,鍵入pip install 模塊名,等待安裝完成即可。
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修改並運行腳本。
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如果未安裝其他編輯器,可選擇python3安裝自帶的IDLE工具打開腳本進行編輯;運行腳本只需將腳本文件拷貝放置到正確目錄,雙擊即可運行。(對於僅需要運行python腳本的用戶,到此即可)
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通過sublime文本編輯器修改並運行腳本
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Sublime Text 是一個文本編輯器(收費軟體,可以無限期試用,只是偶爾會有激活提示彈窗,關閉即可),下載鏈接:https://www.sublimetext.com/,下載後雙擊安裝即可。
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配置sublime的python3環境。打開軟體,選擇Tools-Build System-New Build System,寫入如下內容,註意:修改圖中紅色框python的路徑為步驟3.a.i所粘貼的路徑,並將斜杠(/)改成雙反斜杠(\\)
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{
"encoding": "utf-8",
"working_dir": "$file_path",
"shell_cmd": "C:\\Users\\aiyac\\Anaconda3\\python.exe -u \"$file\"",
"file_regex": "^[ ]*File \"(...*?)\", line ([0-9]*)",
"selector": "source.python",
"env": {"PYTHONIOENCODING": "utf8"},
}
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鍵盤ctrl+S另存為,重命名為python38.sublime-build
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設置預設執行python3的版本,如下步驟勾選。
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設置python腳本預設打開方式為sublime。選擇一個python腳本文件(沒有的話新建一個txt文件,重命名將尾碼修改成.py即可),右鍵選擇打開方式-選擇其他應用,找到sublime,勾選始終使用此應用打開.py,點擊確定。
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運行腳本。雙擊打開python腳本後,鍵盤Ctrl+B(或在工具欄選擇Tools-Build)即可運行腳本。
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METHOD 2 (anaconda版)
anaconda是一個開源的Python發行版本,其包含了conda、Python等180多個科學包及其依賴項,因為包含了大量的科學包,Anaconda 的下載文件比較大。無需單獨安裝python。
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下載相應版本anaconda:https://www.anaconda.com/distribution/#download-section
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雙擊安裝,一直選擇預設即可,安裝成功後在電腦開始會有anaconda文件夾,其中Anaconda Prompt類似windows下的命令提示符
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同樣可以使用sublime編輯,找到anaconda版本下的python路徑,參考METHOD 1 步驟5中的配置即可。
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使用jupyter lab編輯腳本和文檔。點擊上一步的Prompt,輸入jupyter lab回車,將調用預設瀏覽器打開編輯器。
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jupyter lab是一個互動式的開發環境,使用jupyter lab可以:
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可以開啟終端,用於互動式運行代碼,完全支持豐富的輸出
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完美支持 Markdown,Python,R,Julia,LaTeX等任何文本文件
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增強notebook功能
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超多插件支持
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對於非python開發人員,是沒有必要配置jupyter的,配置好sublime編輯器即可。
今天就這樣,peace & love