linux_x86_64 blat安裝

来源:https://www.cnblogs.com/lss2018/archive/2018/08/14/9474554.html
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按網上版本,沒能運行成功,主要是環境變數里路徑設置錯誤,紅字為更改的部分 blatSrc35.zip下載地址:http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/ 對於下載好的源代碼安裝包blatSrc35.zip,需進行編譯,安裝過程如下: 1.用unzip blatSrc35 ...


按網上版本,沒能運行成功,主要是環境變數里路徑設置錯誤,紅字為更改的部分

blatSrc35.zip下載地址:http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/

對於下載好的源代碼安裝包blatSrc35.zip,需進行編譯,安裝過程如下:

1.用unzip blatSrc35.zip 解壓縮包;

2.bash:cd blatSrc 進入blatSrc文件夾下(此後直到設置環境變數,都在blatSrc文件夾下操作);

3.bash:uname -a  查看linux系統類型,我的系統是x86_64 GUN/LINUX;

4.bash:export MACHTYPE=x86_64 回車;

5.bash:mkdir -p ~/bin/x86_64 回車;

6.bash:make 回車;

7.設置環境變數:主目錄下(/home/2188) bash:vim .bashrc;

8.按”i”,編輯文檔,最後行輸入:export PATH=/home/2188/bin/x86_64:$PATH,編輯完成後Esc,:,wq,回車;(如果輸入export PATH=/home/2188/bin:$PATH,運行時不能成功,還需加./blat才能運行)

9.bash:source .bashrc更新環境變數。

至此blat安裝完畢 bash:blat *.fa **.fa 回車即以**.fa為 母庫比對。


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