Linux命令運行監測和軟體安裝

$ time sleep 5
real    0m5.003s # 程式開始至結束的時間，包括其它進程占用的時間片和IO時間
user    0m0.001s # 進程真正執行占用CPU的時間
sys    0m0.002s     # 進程在內核中調用所消耗的CPU時間

• 17:32:34：系統當前時間
• up 3 days, 8:04：主機已運行時間
• 5 users：用戶連接數（不是用戶數，who命令）
• load average: 0.09, 0.12, 0.19：系統平均負載，統計最近1,5,15分鐘的系統平均負載

• Tasks: 287 total：進程總數
• 2 running：正在運行的進程數
• 285 sleeping：睡眠的進程數
• 0 stopped：停止的進程數
• 0 zombie：僵屍進程數

• 1.5 us：用戶空間所占CPU百分比
• 0.9 sy：內核空間占用CPU百分比
• 0.0 ni：用戶進程空間內改變過優先順序的進程占用CPU百分比
• 97.5 id：空閑CPU百分比
• 0.2 wa：等待輸入輸出的CPU時間百分比
• 0.0 hi：硬體CPU中斷占用百分比
• 0.0 si：軟中斷占用百分比
• 0.0 st：虛擬機占用百分比

• 8053444 total：物理記憶體總量
• 7779224 used：已使用的記憶體總量
• 274220 free：空閑的記憶體總量（free+used=total）
• 359212 buffers：用作內核緩存的記憶體量

第五行：swap信息

• 8265724 total：交換分區總量
• 33840 used：已使用的交換分區總量
• 8231884 free：空閑交換區總量
• 4358088 cached Mem：緩衝的交換區總量，記憶體中的內容被換出到交換區，然後又被換入到記憶體，但是使用過的交換區沒有被覆蓋，交換區的這些內容已存在於記憶體中的交換區的大小，相應的記憶體再次被換出時可不必再對交換區寫入。

• PID:進程id
• PPID:父進程id
• RUSER:Real user name（看了好多，都是這樣寫，也不知道和user有什麼區別，歡迎補充此處）
• UID:進程所有者的id
• USER:進程所有者的用戶名
• GROUP:進程所有者的組名
• TTY:啟動進程的終端名。不是從終端啟動的進程則顯示為?
• PR:優先順序
• NI:nice值。負值表示高優先順序，正值表示低優先順序
• P:最後使用的CPU，僅在多CPU環境下有意義
• %CPU:上次更新到現在的CPU時間占用百分比
• TIME:進程使用的CPU時間總計，單位秒
• TIME+：進程所使用的CPU時間總計，單位1/100秒
• %MEM:進程使用的物理記憶體百分比
• VIRT:進程使用的虛擬記憶體總量，單位kb。VIRT=SWAP+RES
• SWAP:進程使用的虛擬記憶體中被被換出的大小
• RES:進程使用的、未被換出的物理記憶體的大小
• CODE:可執行代碼占用的物理記憶體大小
• DATA:可執行代碼以外的部分（數據段+棧）占用的物理記憶體大小
• SHR:共用記憶體大小
• nFLT:頁面錯誤次數
• nDRT:最後一次寫入到現在，被修改過的頁面數
• S:進程狀態（D=不可中斷的睡眠狀態，R=運行，S=睡眠，T=跟蹤/停止，Z=僵屍進程）
• COMMAND:命令名/行
• WCHAN:若該進程在睡眠，則顯示睡眠中的系統函數名
• Flags:任務標誌

df -h

du -sh *

• 需要根用戶的許可權。
• 如果系統版本老，安裝的軟體版本也會比較老。使用新版本有時又會發生衝突。
• 生物信息學中不少軟體不在系統的安裝源裡面。

# 假設當前文件夾下Makefile文件中內容如下 
# first: target名字
# echo "compile first": target對應的命令，任何Linux命令都可以
$ cat Makefile
first:
    echo "compile first"
all: first second
    echo "compile all"
second:
    echo "compile second"
 
# 直接運行make，會make第一個出現的target
$ make
echo "compile first"
compile first
# make first與直接make相同，因為它出現在第一個 
$ make first
echo "compile first"
compile first
# all依賴於first, second，因此make all會先執行make first, make second
# 然後才是自己所代表的命令 
$ make all
echo "compile first"
compile first
echo "compile second"
compile second
echo "compile all"
compile all

• make install通常是拷貝make編譯出來的可執行文件或者依賴的庫文件(如果有的話)到configure時的--prefix指定的目錄下。
• 安裝好的軟體放入環境變數, 就可以快樂的運行了。

• 從源碼編譯最難解決的問題就是依賴的庫文件、頭文件、依賴軟體的缺失或版本不匹配，沒有統一的解決辦法，原則就是缺啥補啥。後面提到的Anaconda，會對庫文件的依賴提供一個簡便的解決辦法。
• 三部曲每一步的執行，屏幕上都會輸出比較多的信息，一定仔細看最後有沒有ERROR類的字樣，對判斷軟體有無安裝成功和下一步要怎麼解決問題會很有幫助。

• 首先下載Anaconda的安裝包 https://www.continuum.io/downloads。
• Anaconda的安裝包做的很人性化，一個bash腳本，只要運行bash Anacond*x86_64.sh，然後按照提示操作就可以了。
• 安裝好後，設置或刷新下環境變數就可以使用了。
• 此後再安裝python的包只需要執行pip install pakcage_name或conda install pakckage_name就可以了。
• 這裡唯一需要註意的就是確認使用的python或pip確實是Anaconda安裝的python或pip。
• which python查看使用的python命令。
• 如果使用的還是系統預設的python，則需要檢查下環境變數的設置。

bin   envs  Examples  imports  lib    LICENSE.txt  pkgs     share  var conda-meta  etc   gcc include  lib64  mkspecsplugins  ssl

cairo                    libitm.a              libQtScript.so.4 cmake                    libitm.la             libQtScript.so.4.8 engines                  libitm.so             libQtScript.so.4.8.7 gcc                      libitm.so.1           libQtScriptTools.la gcj-4.8.5-14             libitm.so.1.0.0       libQtScriptTools.prl glib-2.0                 libitm.spec           libQtScriptTools.so libargtable2.a           libjpeg.a             libQtScriptTools.so.4 libargtable2.la          libjpeg.la            libQtScriptTools.so.4.8 libargtable2.so          libjpeg.so            libQtScriptTools.so.4.8.7 libargtable2.so.0        libjpeg.so.8          libQtSql.la libargtable2.so.0.1.8    libjpeg.so.8.4.0      libQtSql.prl libasan.a                libmkl_avx2.so        libQtSql.so libasan.la               libmkl_avx512_mic.so  libQtSql.so.4 libasan_preinit.o        libmkl_avx512.so      libQtSql.so.4.8 libasan.so               libmkl_avx.so         libQtSql.so.4.8.7