流式細胞文件(.fcs)結構簡介

来源:https://www.cnblogs.com/Lvwl-CN/archive/2023/07/05/17528825.html
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FCS一個完整的數據集主要有以下幾部分: 頭段(必須) 從數據集的第一個位元組開始,文件的第一個數據集是從文件的第一個位元組開始,最小長度為58個位元組。 以ASCII碼解析。 記錄內容包括文件版本號(0~5共6位元組)、文本段開始位元組位(10~17共8位元組)、文本段結束位元組位(18~25共8位元組)、數據段 ...


FCS一個完整的數據集主要有以下幾部分:

  1. 頭段(必須)

    • 從數據集的第一個位元組開始,文件的第一個數據集是從文件的第一個位元組開始,最小長度為58個位元組。
    • 以ASCII碼解析。
    • 記錄內容包括文件版本號(0~5共6位元組)、文本段開始位元組位(10~17共8位元組)、文本段結束位元組位(18~25共8位元組)、數據段開始位元組位(26~33共8位元組)、數據段借宿位元組位(34~41共8位元組)、分析段開始位元組位(42~49共8位元組)、分析段借宿位元組位(50~57共8位元組)、其它段起止位元組位(非必須,長度可自定義,但推薦8位元組)。
    • 文件版本號表示該文件是以哪個版本的FCS協議進行保存的,比如FCS2.0、FCS3.0、FCS3.1、FCS3.2,各個版本的版本號均還是6個字元,ASCII編碼後是6位元組。
    • 6~9位元組是空白預留位元組,目前直到FCS3.2版本也未使用到。
    • 各段起止位元組位均是8位元組,以ASCII解碼後是一個數字字元串,數字字元串長度不足8位的會以空白字元(0x00)補齊。
    • 各段起止位元組位是相對版本號第一個位元組的位置,並不一定是相對文件第一個位元組的位置,在一個文件保存多數據集的情況下(雖然不推薦,但可能存在),前一個數據集文本段會有下一個數據集起始位($NEXTDATA)。
    • 除了文本段,其它段的起止位的數字字元串長度超過8位,則在文本段中寫入實際的起止位,頭段則寫入0。
    • 文本段的起止位的數字字元串長度超過8位的,需要將文本段拆分為文本段和補充文本段,必須在頭段中記錄文本段的完整起止位。
  2. 文本段(必須)、補充文本段(非必須)

    • Key-Value形式存儲數據。
    • 段的第一個位元組是分隔符,分隔Key和Value以及下一個KeyValue,分隔符通常以KeyValue中不會出現的字元作為分隔符,FCS3.2版本推薦分隔符為0x0A,早期較多廠商使用垂線(0x7C)作為分隔符。
    • 如果KeyValue中出現分隔符,則需要寫入兩個連續的分隔符表示,類似於\\和\的意思。
    • Key值以ASCII解碼,Value在FCS3.1、FCS3.2以UTF8解碼,早期版本的FCS可以自定義解碼格式($UNICODE)。
    • 預定義的Key以$符號開頭,自定義的Key無此限制。
    • 預定義的Key除了各段的起止位置外,還包含實驗、數據、樣本等重要信息,其中部分是必須寫入的,比如通道數($PAR)、總事件數($TOT)、通道名稱($PnN)等。
  3. 數據段(必須)

    • 數據段存儲著各個通道的事件數據。
    • 存儲模式分兩種:直方圖模式(C)、列表模式(L),其中直方圖模式在FCS3.1版本不推薦,FCS3.2版本不支持。各大廠商通常使用列表模式。
    • 列表模式解析是從第一個通道的第一個事件開始,先迴圈通道,再迴圈事件,依次讀取位元組,即同一個事件的各個通道的數據按照通道順序連續寫在一起。
    • 數據段的數據有4種:I(整型)、F(單精度浮點)、D(雙精度浮點)、A(ASCII,較難見到)。
    • 不同類型的數據使用不同的位元組數或位數存儲,在文本段中會記錄各個通道使用的位數($PnB),其中單精度浮點固定為32位,雙精度浮點固定為64位,ASCII模式下$PnB表示位元組數,整型模式下$PnB表示位數。
    • 整型模式下$PnB通常為8的倍數,否則解析演算法比較複雜,解析速度較慢。目前各大廠商也是這麼做,通常為16位或32位。
    • 註意標準協議中整型模式下,數據存儲是沒有符號的,即整型模式下的數據均為正數,這也很好理解,採集信號要麼有(正數),要麼沒有(0)。但部分廠商並未遵循此規則,原因是採集到的信號被計算處理過後變成負數。
  4. 分析段(非必須)、其它段(非必須)

    • 分析段通常存儲著分析過程或結果,但大部分情況下此段並不會出現,因為採集數據的機器軟體並不特別擅長分析或者分析的結果並不會存入文件,通常交給專業的分析軟體,比如FlowJo等。分析軟體通常也不會修改原始文件。
    • FCS3.1及以前版本,分析段與文本段一樣是Key-Value形式,FCS3.2版不再限製為此形式,可以是任何形式,可能是幾張圖片,可能是一個Json字元串。
    • 其它段屬於自定義段,各個廠商可以根據自己需要創建只有自己軟體能解析的段,通常情況下也不會出現。
  5. CRC16校驗(必須)

    • 兩個位元組,CRC16校驗碼,跟隨FCS3.2的發佈,CRC16的計算方式也以代碼的形式一起發佈了。
  6. 傳送門:

    • FCS標準協議PDF文件下載地址:https://download.csdn.net/download/lwlcctv/86440144
    • 流式圖表開源地址:https://gitee.com/Lvwl-CN/FCSChart

 


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