任務列表 比對軟體 hisat2的用法 下載index文件 比對、排序、索引 質量控制 載入IGV，截圖幾個基因 hisat2的用法 本作業是比對到基因組，所以使用gapped or splices mapper，此流程已經更新。TopHat首次被髮表已經是7年前，STAR的比對速度是TopHat的 ...
任務列表
- 比對軟體
- hisat2的用法
- 下載index文件
- 比對、排序、索引
- 質量控制
- 載入IGV，截圖幾個基因
cd ~/reference mkdir -p index/hisat && cd index/hisat wget -c ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg19.tar.gz wget -c ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/mm10.tar.gz tar zxvf hg19.tar.gz tar xvzf mm10.tar.gz-c：斷點續傳 比對、排序、索引 把fastq格式的reads比對上去得到sam文件，接著用samtools把它轉為bam文件，並且排序（註意N和P兩種排序區別）索引好（可以使用管道實現，省去中間SAM保存的過程，直接輸出BAM文件） 編寫bash腳本：map.sh
#! usr/bin/bash
set -u
set -e
set -o pipefail
hg19_ref=/mnt/hgfs/2017/reference/index/hisat/hg19/genome
mm10_ref=/mnt/hgfs/2017/reference/index/hisat/mm10/genome
data_path=/mnt/hgfs/2017/rna_seq/data
NUM_THREADS=25
ls --color=never Homo*1.fastq.gz | while read id;do(~/biosoft/hisat2-2.1.0/hisat2 -t -p $NUM_THREADS -x $hg19_ref -1 $data_path/${id%_*}_1.fastq.gz -2 $data_path/${id%_*}_2.fastq.gz 2 > ${id%_*}_map.log | samtools view -Sb - > ${id%_*}.bam);done
ls --color=never Mus*1.fastq.gz | while read id;do(~/biosoft/hisat2-2.1.0/hisat2 -t -p $NUM_THREADS -x $mm10_ref -1 $data_path/${id%_*}_1.fastq.gz -2 $data_path/${id%_*}_2.fastq.gz 2 > ${id%_*}_map.log | samtools view -Sb - > ${id%_*}.bam);done
ls --color=never *.bam | while read id;do(samtools sort --threads $NUM_THREADS $id -o ${id%.*}_sorted.bam);done
ls --color=never *_sorted.bam | while read id;do(samtools index $id);done
運行腳本：
bash map.sh質量控制 對bam文件進行簡單QC Reads比對後的質量控制(評估比對質量的指標) 比對上的reads占總reads的百分比； Reads比對到外顯子和參考鏈上的覆蓋度是否一致； 比對到基因組序列，多重比對reads； 相關質控軟體除了Picard，RSeQC，Qualimap還有一大堆
