包(package)是多個函數的集合,常作為分享代碼的基本單元,代碼封裝成包可以方便其他用戶使用。越來越多的R包正在由世界上不同的人所創建並分發,這些分發的R包,可以從CRAN 或 github 上獲取,由於向 CRAN 提交包審核非常嚴格,有些開發者並沒有將自己開發的R包提至CRAN的意向,通過 ...
包(package)是多個函數的集合,常作為分享代碼的基本單元,代碼封裝成包可以方便其他用戶使用。越來越多的R包正在由世界上不同的人所創建並分發,這些分發的R包,可以從CRAN 或 github 上獲取,由於向 CRAN 提交包審核非常嚴格,有些開發者並沒有將自己開發的R包提至CRAN的意向,通過 devtools 可以輕鬆從 github上下載安裝。包的生命周期一般會經歷 source、bundled、binary、installed和in-memory五個階段。參考資料 (http://r-pkgs.had.co.nz/intro.html)
目錄:
- R包基本內容
- R的不同形式
- R包相關命令
R包基本內容:
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包中包含的內容按重要程式遞減順序包含以下幾個部分,(紅色表示一個包中必須包含的元素)
- R代碼(R/):位於R/文件夾,放置R代碼文件,只有這一個目錄的文件夾也是有用的包
- 包的元信息(DESCRIPTION):包描述文件,文件中一般還包含該包的功能說明、使用許可權等
- 文檔(man/):介紹如何使用該包
- Vignettes(Vignettes/):描述包中每個函數細節的文檔,展示了包中各部分配合使用解決具體問題
- 測試集(tests/):確保包按設計工作,testthat包可將已完成的互動式測試轉換為正式的自動化測試
- 命名空間(Namespace):定義該包的哪些函數可供其它包使用,以及需要哪些包的其它函數
- 外部數據(data/):data/目錄為包提供數據,可以供R用戶方便的使用,或者為文檔提供令人信服的例子
- 其它部分:demo/、exec/、po/和tools/等
不同形式的R包: (參考 http://r-pkgs.had.co.nz/package.html)
- source包 : 開發時的源代碼包,包含R/、DESCRIPTION等
- bundled包:將source包reduced成一個單個文件(.tar), 使用gzip(.gz)壓縮成一個.tar.gz文件的包(在linux常看到的包名尾碼),它和source包的區別在於:
- Vignettes被編譯成了HTML和PDF文件
- 沒有了source包中的臨時文件 (source包中.Rbuildignore文件中標明的文件被排除在bundled包外)
- binary包:binary包可供沒有編譯環境的R用戶使用,它也是單個文件,但是解壓開和source包差別很大 (註意:binary包和平臺相關,Mac的包.tgz和Windows的.zip不能通用)
- R/文件夾中並沒有R文件,而是3個解析後可供高效調用的文件,這是載入R代碼用save()函數保存的結果
- Meta/文件夾包含一些rd文件,這些是包相關的元數據緩存,可以用readRDS()查看文件內容,這些文件加速了包的載入
- html/文件夾包含了HTML幫助需要的文件
- src/目錄變成libs/目錄,包含了將源代碼編譯成的庫
- inst/的內容被移到了頂層目錄
- installed包:installed包是將binary包解壓(安裝)到特定的庫目錄,如下圖展示了包的不同安裝方法
- memory包:使用包之前,必須先載入到記憶體, 可使用library() 和 require() , 其中調用 library()函數時,如果包不存在,程式會中止並報錯。調用requrie() 函數,當包不存在時,調給出警告,程式繼續向後執行。
- 當包載入到記憶體後,使用包時不需要用包名,比如:用install() 而不用 devtools::install(),如圖
- 小結:
- 從網上下載的R的包(package)通常有兩種:binary package 和 Source package
- binary package:這種包屬於即得即用型(ready-to-use),但是依賴與平臺,即Win和Linux平臺下不同
- Source package: 此類包可以跨平臺使用,但用之前需要處理或者編譯(compiled)
- 不同平臺對應的不同的尾碼名,分別為:
- linux環境編譯運行:tar.gz文件
- windows 環境編譯運行 :.zip文件
- MacOSg環境編譯運行:.tgz文件
包相關命令:
- install.packages(): 連網時,線上安裝發佈在CRAN上的包。 如:install.packages("ape")
- install.packages(your.zip.files, repos=NULL): 安裝下載到本地的R包
- .libPaths(): 查看包的安裝目錄
- installed.packages():查看已安裝包信息
- .packages(all.available = TRUE):查看已安裝包信息
- library(mypackage):載入mypackage包
- getOption("defaultPackages"):查看啟動R時自動載入的包
- search():查看當前載入的包
- sessionInfo():查看R中載入的包
- Sys.getenv("R_HOME"):查詢R HOME安裝地址
- Sys.getenv("HOME"):查詢用戶HOME地址
- remove.packages("mypackage"):卸載package
- detach("package:demo"): 刪除當前session記憶體中已載入的包
- update.packages( ):更新包
github程式包安裝:
- 依賴 devtools 工具, 安裝命令: install.packages("devtools")
- devtools包的install_github()函數用於從Github下載併在本地安裝R包,安裝示例代碼如下:
library(devtools) install_github('badbye/baidumap')
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示例中發現:install.packages()和install_github()函數所需的參數是不同的。install.packages()只需包名即可,而install_github()需要提供Github的倉庫名。這意味著當你想從Github上安裝一個R包的時候你必須準確的記得它的倉庫名稱, 麻煩的是,我們往往很難記住Github的用戶名
- githubinstall包提供了一種類似於install.packages()的方式,只需包名即可從github上安裝R包,已發佈至CRAN,安裝命令如下:
install.packages("githubinstall")
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當再安裝github上的包時,示例代碼如下:
library(githubinstall) githubinstall("baidumap")
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