R(二): http與R腳本通訊環境安裝

来源:http://www.cnblogs.com/tgzhu/archive/2016/08/15/5770090.html
-Advertisement-
Play Games

結合實際的工作環境，在開始R研究的時候，首先著手收集的就是能以Web方式發佈R運行結果的基礎框架，無耐的是，R一直以來常使用於個人電腦的客戶端程式上，大家習慣性的下載R安裝包，在自己的電腦上安裝 --> 寫演算法 --> 運行 --> 以貼圖或者文檔的形式發表自己的作品。花了較長時間，終於找著了一套框 ...


      結合實際的工作環境，在開始R研究的時候，首先著手收集的就是能以Web方式發佈R運行結果的基礎框架，無耐的是，R一直以來常使用於個人電腦的客戶端程式上，大家習慣性的下載R安裝包，在自己的電腦上安裝 --> 寫演算法 --> 運行 --> 以貼圖或者文檔的形式發表自己的作品。花了較長時間，終於找著了一套框架基本滿足要求，即FastRWeb (Fast Interactive Web Framework for Data Mining Using R），參考 （http://www.rforge.net/FastRWeb/），FastRWeb 是一個基礎架構環境, 可以讓R腳本運行在任何WebServer上，展示數據和圖形，用戶通過URL地址與R腳本進行通信交互。

目錄：

  • 運行架構原理
  • R3.2.5 安裝 （centos7）
  • RStudio安裝配置 （centos7）
  • FastRWeb安裝配置 （centos7）
  • 開發demo: hello world

運行架構原理：

  1. Clinet向主機的Rserve服務發送http請求
  2. Rserve調用FastRWeb環境，執行R腳本
  3. 將執行結果返回
  4. 在實際工作中，不可避免會遇到一種情況，R腳本執行的結果保存在主機的物理磁碟上，為了讓client 通過 http 能訪問生成的文件，可以將文件存儲在 httpd 服務對應的 html 目錄下，R返回給Client 的可能是文件名，client 獲取到R返回的文件名後，再次發起 http 請求，訪問存儲在 httpd 服務站點文件。
  5. 註意：此場景下，client 發起的兩次請求實際上是調用主機的不同服務（即，Rserve服務和 httpd 服務, 所以要註意請求中不同服務的監聽埠）

Centos7 R3.2.5軟體包安裝:

  • centos 系統軟體包下載地址 （https://cran.r-project.org/src/base/R-3/）, 截止當前，最新版本3.3.1,  我們選擇安裝的版本為：3.2.5
  • 安裝R軟體依賴程式包，命令清單如下： 
    yum install -y gcc
yum install -y gcc-c++
yum install -y gcc-gfortran
yum install -y readline-devel
yum install -y libXt-devel
yum install –y libcur*
yum install –y libxml*
yum install –y openssl*

  • 將下載到本機的R安裝包軟體上傳文件至linux主機的某目錄下, 執行解壓命令：tar -zxvf R-3.2.5.tar.gz

  • 命令：cd R-3.2.5  (切換至解壓後的目錄)
  • 命令：mkdir -p /home/work/R 
  • 命令：./configure --prefix=/home/work/R --enable-R-shlib  （設置R的工作目錄）
  • 完成配置後界面如下顯示，則OK 
    R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    /home/work/R

  C compiler:                gcc -std=gnu99  -g -O2
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              g++  -g -O2
  C++ 11 compiler:           g++  -std=c++11 -g -O2
  Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:          

  Interfaces supported:      X11
  External libraries:        readline
  Additional capabilities:   NLS
  Options enabled:           shared R library, shared BLAS, R profiling

  Capabilities skipped:      PNG, JPEG, TIFF, cairo, ICU
  Options not enabled:       memory profiling

  Recommended packages:      yes

configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages
[root@R R-3.2.5]#
  • 開始編譯安裝
  • 命令：make
  • 命令：make install
  • 命令：vim ~/.bash_profile   （配置環境變數，在打開的文件中加入下麵一行代碼，此處的R路徑為上面安裝時的–prefix=/home/work/R） 
    PATH=/home/work/R/bin:$PATH
  • 命令：source ~/.bash_profile   （使修改生效）
  • 完成操作後執行： R   （能正常進入R命令行，則ok,如下圖 )

RStudio 安裝配置：

  • RStudio是一個非常實用的R語言的IDE，其伺服器端軟體，可以將其構建在Linux伺服器上，然後通過遠程網頁登陸訪問，使得R語言的使用獲得了極大的方便，也看成是一個小小的雲服務，官網（https://www.rstudio.com/home/），如下圖：RStudio Server 提供免費和商業授權版本
  • 下載Centos 系統對應的軟體安裝包 （rstudio-server-rhel-0.99.903-x86_64.rpm），上傳至主機
  • 命令： yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.903-x86_64.rpm  (軟體安裝）
  • 命令： echo 'rsession-which-r=/home/work/R/bin/R' >> /etc/rstudio/rserver.conf   （結合上下文看此參數配置）
  • RStudio 服務相關參考命令清單如下（僅作參考資料，在此步不用執行）： 
    systemctl status rstudio-server
systemctl start rstudio-server
systemctl stop rstudio-server
systemctl restart rstudio-server

  • 執行下麵的命令清單，給RStudio添加操作用戶和許可權

    adduser rstudio
passwd rstudio
usermod -g rstudio-server rstudio

  •  命令：systemctl start rstudio-server  (啟動rstudio-server 服務，預設監聽埠 8787）

  • 如果一切OK，通過瀏覽器就可以正常訪問，如下：

FastRWeb安裝：

  • FastRWeb 可以快速地構建一個R的Web環境，FastRWeb 底層依賴於CGI程式，也就是說，只要能支持CGI程式的WebServer，就可以運行FastRWeb
  • 命令: yum install -y cairo-devel    (安裝FastRWeb依賴包Cairo)
  • 命令：R    （進入R命令行，FastRWeb 和 Rserve 安裝包都是在R命令行下線上安裝）
  • R命令： install.packages("FastRWeb")    (此過程中選擇安裝鏡像，centos7環境，選擇 22 http mirrors,  http cran mirrors 選擇 21 (中國廈門））
  • 安裝成功後如下圖： 
    g++ Rconnection.o Rcgi.o -o Rcgi -lcrypt  
make[1]: Leaving directory `/tmp/RtmpdpC13f/R.INSTALL53b568210efe/FastRWeb/src/Rcgi'
rm -rf ../inst/Rcgi
cp -r Rcgi ../inst
mkdir ../inst/cgi-bin
touch null.so null.dll # to make R CMD SHLIB happy
installing to /home/work/R/lib64/R/library/FastRWeb/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (FastRWeb)

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpkNJBem/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
>

  • R命令：install.packages("Rserve")

  • 安裝成功後界面如下圖： 
    ./mergefat Rserve "/home/work/R/lib64/R/bin/Rserve"
./mergefat Rserve.dbg "/home/work/R/lib64/R/bin/Rserve.dbg"
installing via 'install.libs.R' to /home/work/R/lib64/R/library/Rserve
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (Rserve)

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpkNJBem/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
>

  •  R命令： q()      (退出R命令行，返回linux命令行）

  • 創建FastRWeb基於Rserve的運行環境（切換至FastRWeb安裝目錄，　先查一下安裝的目錄，然後切換至該目錄）
  • 命令： find / -name FastRWeb   (查 FastRWeb 安裝目錄，如下圖）
  • 命令：cd /home/work/R/lib64/R/library/FastRWeb     (切換至安裝目錄）
  • 命令：./install.sh   （安裝基於Rserve的運行環境，生成 /var/FastRWeb 目錄）
  • 命令：cd /var/FastRWeb/code  
  • 命令：ls -la    (查看文件內容）
    1. rserve.conf: Rserve的啟動參數
    2. rserve.R:    Rserve的啟動腳本
    3. start:         啟動命令
  • 命令：vim  rserve.conf   （預設情況下，rserve是提供socket通信介面，我們要將它改成http的通信介面，代碼如下） 
    http.port 8888
remote enable
source /var/FastRWeb/code/rserve.R
control enable

  • 修改文件：rserve.R, 在文件上的最上面增加2行代碼，如下

    library(FastRWeb)
.http.request <- FastRWeb:::.http.request

  •  命令：  ./start   （開啟服務，註意：必須切換至 /var/FastRWeb/code 目錄下執行）

  • 可通過 ps -aux|grep Rserve   和  netstat -nltp|grep Rserve  查看服務狀態，如圖：
  • 要停止服務，可通過 kill 進程，如上圖的進程號，執行命令： kill -9 53652
  • 安裝完成後，通過瀏覽器能正常訪問則OK， 預設監聽埠 8888 （http://192.168.0.103:8888/info),  如下圖

開發Demo: hello world

  • 在Rstudio IDE 編寫如下代碼保存，命名為Demo.R, 你可以使用本地Windows環境下的 rstudio ide ,也可使用瀏覽器上的IDE 環境 
    run <- function(...){
  
  oprint("hello world")
  done()
}

  •  如果是本地環境開發的，將保存的Demo.R 文件上傳至 /var/FastRWeb/web.R 目錄下

  • 在瀏覽器執行： http://192.168.0.103:8888/Demo, 結果如下圖則OK

 


您的分享是我們最大的動力!

-Advertisement-
Play Games
更多相關文章
  • Objective-C Runtime 運行時之四：Method Swizzling
    理解Method Swizzling是學習runtime機制的一個很好的機會。在此不多做整理，僅翻譯由Mattt Thompson發表於nshipster的Method Swizzling一文。 Method Swizzling是改變一個selector的實際實現的技術。通過這一技術，我們可以在運行 ...
  • 【原】tableView的常見BUG
    1、TableView頭視圖不隨視圖移動，頭視圖出現錯位 錯誤原因：tableView的 UITableViewStyle 沒有明確的聲明 解決方法：在tableView聲明的時候明確為 UITableViewStyleGrouped 2、分組表視圖頂部空白高度調整 實現方式： 方式一（推薦使用）： ...
  • Autorelease返回值的快速釋放機制
    + (instancetype)createSark { return [self new];}// callerSark *sark = [Sark createSark];編譯器改寫成了形如下麵的代碼：+ (instancetype)createSark { id tmp = [self new... ...
  • Objective-C Runtime 運行時之一：類與對象
    Objective-C語言是一門動態語言，它將很多靜態語言在編譯和鏈接時期做的事放到了運行時來處理。這種動態語言的優勢在於：我們寫代碼時更具靈活性，如我們可以把消息轉發給我們想要的對象，或者隨意交換一個方法的實現等。 這種特性意味著Objective-C不僅需要一個編譯器，還需要一個運行時系統來執行 ...
  • Linux環境下Android開發環境的搭建
    本文主要介紹在Ubuntu下Android開發環境的搭建，所使用的IDE為Eclipse（Android Studio同理，且可省去配置SDK以及安裝adt插件的步驟）。 1.安裝JDK （1）JDK8下載地址：http://www.oracle.com/technetwork/java/javas ...
  • swift變數和函數
    swift 申明變數 var name = "Hello" //name會被自動識別成String 類型 或者指定變數類型： var name :String = "Hello" swift中用 ＋ 做字元串連接 ，但是不可 ＋ int 型。如果要加int 型，可採用如下的方法： var i ＝ 2 ...
  • SQL Server 資料庫分離與附加
    一、概述 SQL Server提供了“分離/附加”資料庫、“備份/還原”資料庫、複製資料庫等多種資料庫的備份和恢復方法。這裡介紹一種學習中常用的“分離/附加”方法，類似於大家熟悉的“文件拷貝”方法，即把資料庫文件（.MDF）和對應的日誌文件（.LDF）拷貝到其它磁碟上作備份，然後把這兩個文件再拷貝到 ...
  • SQL封裝、多態與重載
    面向對象1.類：眾多對象抽象出來的2.對象：類實例化出來的 3.類的定義關鍵字 class 4.類裡面包含成員變數成員屬性 成員方法 5.面向對象三大特性（1）封裝目的：保護類，讓類更加安全。做法：讓類裡面的成員變數變為私有的，做相應的方法或者屬性去間接的操作成員變數 封裝成員方法來間接操作類裡面的 ...
一周排行
    -Advertisement-
    Play Games
  • 移動開發（一）：使用.NET MAUI開發第一個安卓APP
    移動開發（一）：使用.NET MAUI開發第一個安卓APP 對於工作多年的C#程式員來說，近來想嘗試開發一款安卓APP，考慮了很久最終選擇使用.NET MAUI這個微軟官方的框架來嘗試體驗開發安卓APP，畢竟是使用Visual Studio開發工具，使用起來也比較的順手，結合微軟官方的教程進行了安卓 ...
  • wpf ToggleButton選中效果和一個登錄界面
    前言 QuestPDF 是一個開源 .NET 庫，用於生成 PDF 文檔。使用了C# Fluent API方式可簡化開發、減少錯誤並提高工作效率。利用它可以輕鬆生成 PDF 報告、發票、導出文件等。 項目介紹 QuestPDF 是一個革命性的開源 .NET 庫，它徹底改變了我們生成 PDF 文檔的方 ...
  • 彈幕樹洞項目功能新增篇
    項目地址 項目後端地址： https://github.com/ZyPLJ/ZYTteeHole 項目前端頁面地址： ZyPLJ/TreeHoleVue (github.com) https://github.com/ZyPLJ/TreeHoleVue 目前項目測試訪問地址： http://tree ...
  • 第27篇 sqlserver2022詳細安裝步驟
    話不多說，直接開乾 一.下載 1.官方鏈接下載： https://www.microsoft.com/zh-cn/sql-server/sql-server-downloads 2.在下載目錄中找到下麵這個小的安裝包 SQL2022-SSEI-Dev.exe，運行開始下載SQL server； 二. ...
  • .NET 開源高性能 MQTT 類庫
    前言 隨著物聯網（IoT）技術的迅猛發展，MQTT（消息隊列遙測傳輸）協議憑藉其輕量級和高效性，已成為眾多物聯網應用的首選通信標準。 MQTTnet 作為一個高性能的 .NET 開源庫，為 .NET 平臺上的 MQTT 客戶端與伺服器開發提供了強大的支持。 本文將全面介紹 MQTTnet 的核心功能 ...
  • Serilog文檔翻譯系列（六） - 可用的接收器、增強器、格式化輸出
    Serilog支持多種接收器用於日誌存儲，增強器用於添加屬性，LogContext管理動態屬性，支持多種輸出格式包括純文本、JSON及ExpressionTemplate。還提供了自定義格式化選項，適用於不同需求。 ...
  • 警惕 Visual Studio 屬性求值副作用導致邏輯不符合預期
    目錄簡介獲取 HTML 文檔解析 HTML 文檔測試參考文章 簡介 動態內容網站使用 JavaScript 腳本動態檢索和渲染數據，爬取信息時需要模擬瀏覽器行為，否則獲取到的源碼基本是空的。 本文使用的爬取步驟如下： 使用 Selenium 獲取渲染後的 HTML 文檔 使用 HtmlAgility ...
  • [使用目前最新版]HybridCLR6.9.0+YooAsset2.2.4實現純C# Unity熱更新方案 (一)
    1.前言 什麼是熱更新 游戲或者軟體更新時，無需重新下載客戶端進行安裝，而是在應用程式啟動的情況下，在內部進行資源或者代碼更新 Unity目前常用熱更新解決方案 HybridCLR，Xlua，ILRuntime等 Unity目前常用資源管理解決方案 AssetBundles，Addressable， ...
  • 在 ASP.NET Core Web API 中使用操作篩選器統一處理通用操作
    本文章主要是在C# ASP.NET Core Web API框架實現向手機發送驗證碼簡訊功能。這裡我選擇是一個互億無線簡訊驗證碼平臺，其實像阿裡雲，騰訊雲上面也可以。 首先我們先去 互億無線 https://www.ihuyi.com/api/sms.html 去註冊一個賬號 註冊完成賬號後，它會送 ...
  • 第28篇 如何.net中實現高效可靠數據同步api
    通過以下方式可以高效，並保證數據同步的可靠性 1.API設計 使用RESTful設計，確保API端點明確，並使用適當的HTTP方法（如POST用於創建，PUT用於更新）。 設計清晰的請求和響應模型，以確保客戶端能夠理解預期格式。 2.數據驗證 在伺服器端進行嚴格的數據驗證，確保接收到的數據符合預期格 ...
所有分類